Las especies nativas son aquellas originarias del lugar en donde habitan, que en el caso de Chile, su número se eleva a más de 31.000 especies. El grupo con mayor cantidad de especies son los insectos, con unas 10.130 especies, es decir, casi el 33% de las especies nativas conocidas para Chile. Esto es esperable si consideramos que a nivel mundial los insectos representan casi el 55 % de todas las especies conocidas. Le siguen en importancia las plantas, con más de 7.000 especies (23% de las descritas para Chile) y hongos con 3.300 especies (11% de las especies descritas para Chile).